土地売却で年末調整は必要？確定申告が必要なケースや手続きをわかりやすく解説

土地を売却すると、「年末調整で何か手続きが必要？」「会社に知られたくないけれど大丈夫？」と疑問に思う方は多いのではないでしょうか。

土地売却による譲渡所得の税額計算は年末調整の対象外です。

ただし、基礎控除などの判定では、土地売却による所得を含む合計所得金額の見積額を勤務先へ提出する申告書に反映する場合があります。

譲渡益が生じた場合や税金の特例を利用する場合は、原則として売却した翌年に確定申告が必要です。

この記事では、土地売却と年末調整の関係や確定申告が必要なケース、手続きの流れや必要書類までわかりやすく解説します。

土地売却による譲渡所得は年末調整の対象外

土地売却による譲渡所得の税額は、勤務先の年末調整では計算・精算できません。

譲渡益が生じた場合や税金の特例を利用する場合は、原則として確定申告が必要です。

土地売却の利益は年末調整の対象外

土地を売却した事実や譲渡所得の税額を、会社経由で申告する必要はありません。

ただし、勤務先の就業規則などに届出の定めがある場合は、その規定を確認してください。

年末調整は、会社が給与所得にかかる所得税を精算するための手続きであり、土地売却による譲渡所得は対象外だからです。

一方、年末調整で基礎控除や配偶者控除などの適用を受ける場合は、土地売却による所得を含めた合計所得金額の見積額を申告書へ反映する必要があります。「土地売却について勤務先への記載は一切不要」とは限りません。

ただし、土地売却で譲渡所得が発生した場合や、税金の特例を利用する場合は、年末調整ではなく、翌年の確定申告で申告します。

「年末調整に書かない＝申告不要」ではない点を理解しておきましょう。

年末調整と確定申告の違い

年末調整は、会社員や公務員などの給与所得者を対象に、勤務先が1年間に源泉徴収した所得税と本来納める所得税の過不足を精算する手続きです。精算の結果、還付または追加徴収が行われます。

一方、土地売却で発生した利益は譲渡所得と呼ばれ、給与所得とは別の税率で計算する「申告分離課税」が適用されるため、会社の年末調整では手続きできません。

利益が出た場合や税金の特例を利用する場合は、本人が翌年に確定申告を行う必要があります。

確定申告と年末調整の違いを項目別に確認しておきましょう。

年末調整

• 手続きをする人：勤務先（会社）
• 対象となる所得：給与所得
• 土地売却との関係：譲渡所得の税額計算は対象外。ただし、合計所得金額の見積額へ反映する場合がある
• 手続きの時期：勤務先が定める時期
• 提出書類：控除等の申告書
• 提出先：勤務先

確定申告

• 手続きをする人：本人
• 対象となる所得：譲渡所得・事業所得など
• 土地売却との関係：利益が出た場合や特例を利用する場合に必要
• 手続きの時期：原則として売却した翌年の確定申告期間
• 提出書類：確定申告書
• 提出先：税務署（e-Tax・郵送・窓口）

年末調整と確定申告は役割が異なります。土地売却では自分に必要な手続きを正しく確認し、申告する必要があります。

土地売却では確定申告が必要な場合がある

土地売却では、利益が出た場合や税金の特例を利用する場合は、原則として確定申告が必要です。

利益が出ていない場合でも、税金の特例を利用できる場合があるため、自分がどのケースに当てはまるのか確認してみましょう。

利益が出た場合は申告が必要

土地を売却して出た利益を「譲渡所得」と呼びます。譲渡所得が発生した場合は、原則として確定申告が必要です。次の計算式で求めます。

売却価格 －（取得費 ＋ 譲渡費用）＝ 譲渡所得

取得費には土地の購入代金や購入時の仲介手数料などが含まれ、譲渡費用には売却時の仲介手数料や、売却のために直接要した測量費などが含まれます。

計上できる費用は支出内容によって異なります。例えば、次の条件で計算すると、譲渡所得は920万円になります。

• 売却価格：2,000万円
• 取得費：1,000万円
• 譲渡費用：80万円

2,000万円－（1,000万円＋80万円）＝920万円

この金額から適用できる特別控除を差し引いた課税譲渡所得金額をもとに、税額を計算します。

土地・建物の譲渡所得は、売却した年の1月1日時点の所有期間によって、長期譲渡所得と短期譲渡所得に区分されます。税率は次のとおりです。

区分	所有期間	税率
長期譲渡所得	5年超	所得税15％・住民税5％
短期譲渡所得	5年以下	所得税30％・住民税9％

なお、表の所得税率に加えて、復興特別所得税として所得税額の2.1％が課されます。

マイホームの軽減税率などを利用する場合は税率が異なることがあります。

マイホームとその敷地を売却した場合は、一定の要件を満たせば3,000万円の特別控除などを利用でき、税額が生じないこともあります。

建物を取り壊した後の土地だけを売却する場合などは追加の要件があるため、適用条件を確認してください。特例を利用する場合は確定申告が必要です。

主な特例は次のとおりです。

特例	適用内容
マイホームの3,000万円特別控除	一定の要件を満たすマイホームの譲渡所得から最高3,000万円を控除
空き家の3,000万円特別控除	相続した空き家を一定条件で売却した場合に適用
所有期間10年超の軽減税率	一定条件を満たすマイホームの長期所有で税率を軽減
低未利用土地等の特例	一定条件を満たす低未利用土地の譲渡に適用
特定のマイホームの買換え特例	一定条件で譲渡益への課税を将来へ繰り延べ

各特例には適用要件や併用制限があります。契約前または申告前に国税庁の案内を確認し、判断が難しい場合は税務署や税理士へ相談しましょう。

損失が出ても確定申告をしたほうがよい場合

譲渡所得を計算した結果、マイナスになった場合は、原則として確定申告は不要です。

ただし、譲渡損失に関する特例を利用する場合は、確定申告を行わなければ適用を受けられません。

例えば、売却価格2,000万円、取得費2,500万円、譲渡費用80万円の場合、2,000万円－（2,500万円＋80万円）＝－580万円となり、580万円の譲渡損失が生じます。

土地・建物の譲渡損失は原則としてほかの所得と損益通算できませんが、一定のマイホームを売却した場合は特例を利用できることがあります。

マイホームの土地を売却して損失が出た場合には、一定の条件を満たせば給与所得などほかの所得と損益通算できる特例や、控除しきれなかった損失を翌年以降へ繰り越せる特例があります。

主な特例は次のとおりです。

• マイホーム買換え時の譲渡損失の損益通算・繰越控除：一定の要件を満たすマイホームの買換えで、新居について償還期間10年以上の住宅ローンがある場合などに適用されます。
• 特定のマイホームの譲渡損失の損益通算・繰越控除：一定の要件を満たし、売却代金を上回る住宅ローン残高が残る場合などに適用されます。

確定申告が必要か迷ったときの判断ポイント

土地売却後に確定申告が必要かどうかは、利益の有無や特例の利用によって異なります。

特例を利用する場合は、申告しなければ適用を受けられないため、次の表で確認してみましょう。

確定申告が必要なケース	原則として不要なケース
譲渡所得が生じた場合申告を要する特例を利用する場合	譲渡所得が0円以下で、損益通算や繰越控除などの特例を利用しない場合

税務上の判断に迷う場合は、税務署または税理士へ相談しましょう。不動産会社には、売却価格や売却時期、必要な取引書類などを相談できます。

扶養や社会保険への影響も確認しておこう

扶養に入っている配偶者などが土地を売却して譲渡所得を得た場合は、配偶者控除や配偶者特別控除に影響する可能性があります。

また、健康保険の扶養に入っている場合も、加入している健康保険組合などによって取り扱いが異なる場合があるため、事前に確認しておきましょう。

会社員本人の健康保険料や厚生年金保険料は、原則として給与や賞与を基礎に計算されるため、土地の譲渡所得がその計算へ直接反映されるものではありません。

ただし、国民健康保険など加入制度によって取扱いが異なるため、保険者へ確認してください。

高額な譲渡所得では基礎控除にも注意

土地を高額で売却すると、基礎控除に影響することがあります。

これは、基礎控除は、給与所得だけでなく、土地売却による譲渡所得などを合算した「合計所得金額」をもとに判定するためです。

高額な譲渡所得がある場合は、基礎控除額が減額され、合計所得金額が2,500万円を超えると基礎控除はなくなってしまいます。

また、マイホームの3,000万円特別控除などを利用して課税譲渡所得が0円になっても、基礎控除の判定では特別控除前の譲渡所得を含む合計所得金額が用いられます。

税額が生じない場合でも、基礎控除に影響することがあるため注意しましょう。

土地売却の確定申告の流れと必要書類

土地を売却して確定申告が必要になった場合の流れを把握しておけば、スムーズに手続きを進められるでしょう。ここでは、必要書類や申告の流れをわかりやすく解説します。

確定申告で準備する書類

土地売却の確定申告では、確定申告書と譲渡所得の内訳書を作成し、売買契約書や領収書などを参照して金額を確認します。

提出・添付が必要な書類は、利用する特例や申告方法によって異なります。購入時の書類が見当たらない場合は、代替資料の有無や取得費の扱いを税務署または税理士へ早めに確認しましょう。

書類	確認できる内容・用途
確定申告書	確定申告の内容を記載する
譲渡所得の内訳書	土地の売却内容や譲渡所得を記載する書類
売却時の売買契約書	売却価格を確認するための書類
仲介手数料などの領収書	譲渡費用（売却のために直接かかった費用）を確認する
取得時の売買契約書	取得費（購入時の価格）を確認する
取得時の諸費用の領収書	取得費（購入時にかかった費用）を確認する

3,000万円の特別控除などを利用する場合は、譲渡所得の内訳書のほか、状況に応じて戸籍の附票の写しなどの追加書類が必要です。

特例や申告方法によって必要書類が異なるため、適用要件と提出書類を確認し、余裕を持って準備しましょう。

確定申告の手続きの流れ

土地売却の確定申告は、次の流れで進めます。取得費や特例の判断が難しい場合は、早めに税務署または税理士へ確認しましょう。各STEPのポイントを解説します。

1. 必要書類を集める：売買契約書や領収書など、譲渡所得の計算に必要な書類をそろえます。不足している書類がある場合は、早めに準備しておきましょう。
2. 譲渡所得を計算する：売却価格から取得費や譲渡費用を差し引き、譲渡所得を計算します。特例を利用する場合は、適用条件もあわせて確認しておきましょう。適用できる特例を見落とすと、税負担が大きくなる可能性があります。
3. 申告書を作成する：国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用すると、画面の案内に沿って申告書を作成できます。
4. e-Taxまたは税務署へ提出する：作成した申告書は、e-Taxによるオンライン申告のほか、税務署へ持参または郵送して提出します。e-Taxの利用可能時間やメンテナンス情報は、提出前に確認してください。
5. 期限内に納税する：納税が必要な場合は、申告期限までに納税を済ませます。口座振替やクレジットカード、スマホアプリ納付などから選択できます。利用条件や手数料は納付方法によって異なります。

確定申告しないとどうなる

土地売却で確定申告が必要であったのに、申告しなかった場合は、本来納める税金に加えて、無申告加算税や延滞税が課されることがあります。

また、特別控除や繰越控除などは確定申告が適用要件です。申告期限後の取扱いは特例や状況によって異なるため、申告漏れに気づいた場合は税務署または税理士へ速やかに確認してください。

特例の適用には、確定申告書や必要書類の提出が求められます。利用を検討している場合は、要件と提出書類を事前に確認しましょう。

税金やペナルティの負担を増やさないためにも、確定申告が必要かどうかを確認し、期限内に申告・納税を済ませましょう。

土地売却と年末調整でよくある勘違い

土地売却と年末調整については、「会社で手続きできる」「会社に知られない」「利益がなければ何もしなくてよい」など、誤解されやすいポイントがあります。ここでは、よくある勘違いと正しい考え方を確認しましょう。

会社へ土地売却を申告する必要はある？

土地売却による譲渡所得の税額は、会社の年末調整では計算・精算できません。利益が出るなど確定申告が必要な場合は、自分で税務署へ申告・納税を行います。

一方、年末調整で基礎控除や配偶者控除などの適用を受ける場合は、土地売却による所得を含む合計所得金額の見積額を申告書へ記載することがあります。

住宅ローン控除（2年目以降）は年末調整で手続きできますが、土地売却による譲渡所得は対象外です。混同しないよう注意しましょう。

年末調整で申告しないなら会社に知られない？

土地売却による譲渡所得の税額は年末調整では精算しませんが、基礎控除申告書などに給与所得以外の所得を記載する場合、勤務先がその金額を把握することがあります。

また、確定申告によって住民税額が変わると、会社へ送付される住民税の通知から、給与以外の所得があることを推測される可能性があります。

住民税の徴収方法を選択できる場合でも、自治体によって取り扱いが異なります。勤務先へ伝わる情報や住民税の取扱いは、税務署や自治体へ確認してください。

自己所有の土地を一度売却しただけで、直ちに事業としての副業に当たるとは限りません。

ただし、取引の継続性や勤務先の就業規則、公務員に適用される規定などによって判断が異なります。必要に応じて勤務先の担当部署へ確認してください。

利益がないなら確定申告も不要？

土地売却で譲渡所得がマイナスになった場合は、原則として確定申告は不要です。

ただし、譲渡損失の特例を利用して損益通算や繰越控除の適用を受ける場合は、確定申告が必要になります。

損失が出た場合でも、マイホームの買い替えや住宅ローンが残っている居住用財産の売却では、特例を利用できる場合があります。対象となるか確認しましょう。

土地売却に関するご相談はウスイホームへ

土地売却では、税務上の手続きだけでなく、売却時期や価格設定、必要書類なども検討する必要があります。条件を整理したうえで、不動産会社へ相談しましょう。

ウスイホームでは、土地の査定や売却方法、売却スケジュールなど、不動産売却に関する相談を受け付けています。

個別の税額計算や特例の適用判断については、税務署または税理士へご確認ください。

土地売却をご検討中の方は、ウスイホームへご相談ください。

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神奈川県の不動産売却はウスイホーム（マンション・アパート・事務所・一戸建て・土地）

土地売却後は年末調整ではなく確定申告の要否を確認しよう

土地売却による譲渡所得の税額は、会社の年末調整では計算・精算できません。利益が出た場合や税金を軽減できる特例を利用する場合は、自分で確定申告を行います。

ただし、基礎控除などの判定では、土地売却による所得を含む合計所得金額の見積額を勤務先へ提出する申告書に反映する場合があります。

土地売却では、利益（譲渡所得）が出た場合だけでなく、損失（譲渡損失）が出た場合にも税負担を軽減できる特例があります。

自分のケースに適用できるかを確認し、確定申告の時期に忘れず手続きを行いましょう。

年末調整と確定申告の違いを理解し、売却した年の制度と自分の状況に照らして必要な手続きを確認しましょう。

監修者　海沼 仁（カイヌマ ヒロシ） ウスイホーム株式会社 代表取締役社長 【経歴】 大学時代は不動産評価論を専攻。 卒業後、1997年にウスイホーム株式会社入社。売買仲介部門の新人賞を受賞。 2001年、新店の上大岡店店長に就任。以降、各店店長を歴任。特に新店舗の立ち上げを得意とし、後にエリアマネージャーに抜擢される。 2012年より取締役に就任。主に横浜、湘南エリアでの商圏拡大に尽力している。 2021年には創業45周年を機に、SDGs推進に取り組む「ウスイグループSDGs宣言」を制定。地域貢献活動にも力を入れている。 2025年4月、ウスイホーム株式会社代表取締役社長に就任。 地域密着型営業で築き上げてきた不動産業界のキャリアと実績から、顧客の信頼も厚く、幅広い人脈を持つ。著名人・有名人からの相談や紹介も多い。 【資格】 宅地建物取引士 CPM（米国不動産経営管理士） 日本RSP協会　不動産仲介士　試験問題監修委員

執筆者　ウスイホーム株式会社　広報チーム 1976年に神奈川県で創業。横浜・湘南・横須賀エリアで多くの方々の土地売却をサポートさせて頂いております。長年にわたり蓄積してきた知見を活かし、土地の売却を検討する際に役立つ情報を発信しています。 お問い合わせURL　https://www.usui-home.com/contact